全自動梯度PCR儀在PCR擴增時加入的引物是利用同位素、熒光素等進行標記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結合擴增。擴增的結果通過熒光信號采集系統實時采集信號連接輸送到計算機分析處理系統，得出量化的實時結果輸出。可以檢測多熒光的標記和目的基因表達產物，因為一次只能檢測一種目的基因的擴增量，需多次擴增才能檢測完不同的目的基因片段的量。多通道利于做多重PCR，實現一次檢測多種目的基因的功能。

　　全自動梯度PCR儀是一種在實驗室使用頻率及使用時間非常高的儀器，因此故障率也是比較高的。PCR儀的故障主要有以下幾類：

　　1、制冷半導體故障

　　制冷半導體是PCR儀的核心部件，PCR儀用的制冷半導體都是工業級PCR儀專用的半導體片，主要是能耐大的溫度變化。但這些制冷半導體的生產都是半手工的，也沒有很好的辦法來檢測其耐用性。總之是有一定的故障率的。

　　制冷半導體的耐溫度變化次數是與其材料及生產技術相關的。如陶瓷片切塊、非硬性焊接等技術。好的制冷半導體生產商會提供溫度變化次數實驗數據。其性能隨溫度變化次數會下降。有的PCR儀具有溫度變化次數計數的功能。

　　2、溫度傳感器故障

　　PCR儀用的溫度傳感器是大致有三類，即熱電阻型、熱電偶型和半導體型，熱電阻型、熱電偶型用得多，故障率較低，而半導體型的因為內含電路，在PCR儀中使用時故障率較高（當然它有其他的優點）。有的PCR儀會報傳感器故障，其實傳感器、與傳感器相關的線路以及傳感器信號處理電路的故障都有可能。

　　3、控制板故障

　　控制板是PCR儀的指揮中心，其比較容易受到外部因素的影響而出現故障，如灰塵過多引起控制板溫度過高、濕度過大引起電路短路、串擾（從電源線來）及電磁幅射（無線）的干擾等。